Na época, a grande questão era saber o que tinha sido retirado de Bacon e o que era, de facto, original. A esse propósito, veja-se o Avertissement à terceira edição (Discours Préliminaire: 9-13) em que, respondendo exactamente a essa crítica, e para esclarecer definitivamente o que era devido a Bacon e o que não era, D'Alembert decide facilitar ao leitor a comparação publicando, como apêndice ao Discours Préliminaire, a própria "árvore de Bacon, o "Système général de la connaissance humaine suivant le chancelier Bacon" (Discours Préliminaire: 171-175), antecedido de uma pequena nota explicativa "Observations sur la division des sciences du chancelier Bacon" (Discours Préliminaire: 169-170), textos que aparecem na terceira edição da Encyclopédie, vol. I: respectivamente LI e LII. Entretanto, no próprio corpo do Discours Préliminaire há repetidos elogios e diversos momentos de repetido reconhecimento da dívida em relação a Bacon (cf. por exemplo, Discours Préliminaire: 90-92).